Bioinformaticien 100% / Plateforme de médecine génomique/ Cellule Bioinformatique/ Centre de Biologie et Pathologie EST/ Groupement Hospitalier EST

La Cellule Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon (HCL) est constituée de 5 bioinformaticiens, 1 développeur web et 2 maîtres de conférences hospitalo-universitaires. Elle est en charge de l’analyse des données de séquençage haut débit à visée diagnostique pour l’ensemble des HCL. L’activité de la Cellule concerne à la fois la génétique constitutionnelle, somatique et l’infectiologie. Les analyses bioinformatiques sont réalisées via des pipelines nextflow développés en interne par les différents membres de la Cellule, l’ensemble de l’activité étant centralisée autour d’une application web couplée à une base de données interne. 

Le projet stratégique des HCL établi en 2025 a fait de la Médecine Génomique l’une de ses priorités. Dans ce cadre, la Cellule Bioinformatique est amenée à développer de nombreux outils bioinformatiques afin de répondre aux demandes des équipes de biologie. Ces outils sont ensuite mis en production et doivent être mis à jour et maintenus activement pour assurer une continuité de service.

Afin de participer à ces différentes tâches, la Cellule Bioinformatique recrute un(e) bioinformaticien(ne) de profil généraliste. La personne recrutée sera en charge de répondre aux besoins de développement, de maintenance et de mise à jour d’outils bioinformatiques pour l’analyse de données biologiques. En particulier, la personne recrutée pourra être amenée à réaliser les tâches suivantes :

• Développement de pipelines ou de logiciels d’analyse bioinformatique (recueil du besoin, développement du pipeline selon les bonnes pratiques, qualification et mise en production du pipeline dans l’infrastructure existant aux HCL, maintenance). Les grandes thématiques de développement prévues incluent en particulier l’analyse de données de séquençage de 3ème génération et le RNA-Seq ;

• Support et formation des utilisateurs ;

• Automatisation de tâches, comme par exemple la mise à jour des bases de données utilisées pour l’annotation ;

• Participation à l’activité diagnostique courante : réalisation et suivi des analyses de routine.

• Développement de nouvelles fonctionnalités dans l’application web.