Ingénieur de recherche en bioinformatique

Description du Poste

Les Missions

L’ingénieur aura pour mission principale de définir et développer un pipeline d’analyse de données de métabarcoding pour le traitement des données générées dans le cadre du PEPR Dynabiod :

- Définir le pipeline en collaboration avec l’ingénieur responsable de l’encadrement et les autres membres du projet.
- Développer le pipeline en Nextflow en privilégiant la réutilisation de composants déjà existants (nf-core) et en apportant un soin particulier à la modularité.
- Evaluer les performances tant en terme de ressources informatiques nécessaires qu’en terme de fiabilité des résultats obtenus

L'Activité

- Veille scientifique et bibliographique pour la définition du pipeline et de ces différentes étapes.
- Développer le pipeline à l’aide de Nextflow mais également, si nécessaire, des scripts de traitement pour les étapes internes du pipeline (bash, python et R)
- Documenter les développements, rédiger des tutoriaux et assurer un support technique aux utilisateurs
- Communiquer et valoriser les résultats auprès de la communauté scientifique (présentations lors de réunions du consortium, conférences ou workshops, participation à la rédaction des publications scientifiques valorisant les outils développés)

Votre Profil

Compétences

Formation et expérience :
- Master 2 (ou équivalent) en Bioinformatique avec une première expérience en traitement de données bioinformatiques (stage ou CDD).

Savoirs :
- Connaissance des outils bioinformatiques de bases pour le traitement des séquences et des algorithmes associés
- Connaissance théorique des techniques d’ADN environnemental, de barcoding et de métabarcoding appréciée

Savoir-faire:
- Maîtrise des environnements de travail Unix : ligne de commande et scripts
- Maîtrise d’un langage de programmation adapté au traitement de données (python, R)
- Utilisation de Git pour la gestion des versions et de forges logicielles (GitLab/GitHub)
- Expérience de l’utilisation d’un moteur de workflows appréciée (ex: Nextflow, snakemake, airflow)
- Expérience de l’utilisation d’un cluster de calcul (ex: Slurm)
- Maîtrise de l’anglais technique (lecture & rédaction de publications/documentation)

Savoir-être :
- Rigueur méthodologique
- Sens du travail collaboratif
- Prise d’initiative et autonomie
- Sens de l’organisation

Votre Environnement de Travail

L’ingénieur sera intégré au Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod. Le PEPR Dynabiod, financé par l’Agence Nationale de la Recherche via le Plan d’Investissement d’Avenir France 2023, vise à approfondir la compréhension des dynamiques de la biodiversité terrestre -plantes et invertébrés- afin de mieux la préserver. Coporté par le CNRS et le MNHN, Dynabiod fédère une communauté scientifique pluridisciplinaire mobilisant des approches innovantes (génomique environnementale, télédétection, intelligence artificielle, sciences participatives…) pour caractériser et comprendre les variations temporelles de la biodiversité, passées (grâce aux collections d’histoire naturelle), présentes (dispositifs de suivis) et futures (scénarios).

Le poste sera basé au Laboratoire d’Écologie Alpine (LECA : https://leca.osug.fr/) à Grenoble. Vous rejoindrez le plateau technique « Modélisation Code & Analyses » (MOCA) mais serez amené à interagir régulièrement avec les autres membres du Pôle de Génomique Environnementale du PEPR Dynabiod.

Contraintes et risques

Risques liés au travail sur écran

Rémunération et avantages

Rémunération

à partir de 3143,64€ selon expériences professionnelles et grille en vigueur au CNRS

Congés et RTT annuels

44 jours

Pratique et Indemnisation du TT

Pratique et indemnisation du TT

Transport

Prise en charge à 75% du coût et forfait mobilité durable jusqu’à 300€

À propos de l’offre

Référence de l’offre UMR5553-FREBOY-001 Secteur d’activité Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement Emploi type Ingenieur biologiste en analyse de donnees (H/F)

À propos du CNRS

Le CNRS est un acteur majeur de la recherche fondamentale à une échelle mondiale. Le CNRS est le seul organisme français actif dans tous les domaines scientifiques. Sa position unique de multi-spécialiste lui permet d’associer les différentes disciplines pour affronter les défis les plus importants du monde contemporain, en lien avec les acteurs du changement.

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Les métiers de la recherche